中年
1914 年，薛定谔取得了特许任教资格（venia legendi）。薛定谔在1914年至1918年参加了第一次世界大战。此后在耶拿大学、斯图加特大学、布雷斯劳大学和苏黎世大学教书。特别是在苏黎世大学他所担任的理论物理学的教授以前曾由爱因斯坦和马克斯·冯·劳厄担任过。在这里他提出了著名的薛定谔方程，创立了波动力学学说用以来描述量子力学。
1920年4月6日他同安娜玛丽·贝特尔（Annemarie Bertel）结婚。在同一年，薛定谔在耶拿成为马克斯·维恩（英语：Max Wien）的助理，并在1920年9月成为了副教授（ausserordentlicher Professor，ao. Prof.）。1921年，在布雷斯劳（今弗罗茨瓦夫）他成为正教授（ordenticher Professor，o. Prof.）。
1921年，他搬到了苏黎世大学。1926年1月，薛定谔在物理年鉴发表文章“以特征值问题处理量子化理论”（Quantisierung als Eigenwertproblem）来处理波动力学，并引入了现在称之为薛定谔方程。在本文中，他“推导”了不含时的波动方程，并证明它正确地给出了类氢原子的能量特征值。本文被视二十世纪最重要的成就之一，创造出量子力学的革命，并延伸到物理及化学的各个领域。第二篇文章在四个星期后发表，给出了量子谐振子、刚体及双原子分子的解，并给出了薛定谔方程一个新的推导方式。在五月发表的第三篇文章中，薛定谔证明了他的做法等价于海森伯，并处理了斯塔克效应。第四篇文章说明了如何处理随时间变化的系统，例如散射问题。在此论文中，为了避免四次及六次的微方项，薛定谔引入了波动方程的复数解（量子力学可说是从此由实转复）。在引入了复数后，神奇的事发生了，波动方程的一切就在他脚边。（他最终将微方项的次数降为一） [10]这些文章在物理界被公认为意义重大，对他的职业生涯和成就具有重大的意义。薛定谔本人并不太喜欢量子理论的意涵，对于量子力学的概率诠释，他说：“我不喜欢它，对引入它我感到抱歉。”[11]
1927年薛定谔迁往柏林，接替马克斯·普朗克在洪堡大学担任理论物理学教授，并成为了普鲁士科学院院士。在那里他感受到了自由进行科学研究的浓厚气氛。当时在柏林汇聚了世界顶尖的物理学家，比如他的同事维克托·维斯科普夫。在纳粹党1933年夺取政权后，薛定谔决定离开德国移居英国牛津，在牛津大学莫德林学院担任访问学者，同年他获得了诺贝尔物理学奖。